ERINA SEPTIANE PUTRI: Juni 2015

Jumat, 19 Juni 2015

Bioinformatika

Bioinformatika (bioinformatics) adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis.

Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, informatika, fisika, biologi, dan ilmu kedokteran untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.

Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk

mengelola informasi biologis,
penyejajaran sekuens (sequence alignment),
prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA,
analisis filogenetik, dan
analisis ekspresi gen.

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.

Sejarah Bionformatika

1960an: penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi.

1960an: Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan di Amerika Serikat.

1970an: pangkalan data sekuens DNA dikembangkan di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory).

1970an: Penemuan teknik sekuensing DNA menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang dapat diungkapkan pada 1980an dan 1990an.

Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, yang meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

1980an: Bioinformatika pertamakali dikemukakan untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Tepatnya, istilah Bioinformatika pertama kali diperkenalkan pada 1979 oleh Paulien Hogeweg

Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

Kemajuan ilmu Bioinformatika ini lebih didesak lagi oleh genome project yang dilaksanakan di seluruh dunia dan menghasilkan tumpukan informasi gen dari berbagai makhluk hidup, mulai dari makhluk hidup tingkat rendah sampai makhluk hidup tingkat tinggi

Pada tahun 2001, genom manusia yang terdiri dari 2.91 juta bp (base-pare, pasangan basa) telah selesai dibaca. Baru-baru ini genom mikroba Plasmodium penyebab Malaria dan nyamuk Anopheles yang menjadi vektor mikroba tersebut juga telah berhasil dibaca. Dan masih banyak lagi gen-gen dari makhluk hidup lainnya yang sudah dan sedang dibaca.

Pengorganisasian data yang ada sangat berguna untuk analisis yang lebih baik.

Pekerja di bidang bioinformatika memastikan informasi biologis tersedia, melalui pengawasan kualitas, pemeriksaan silang, dan standarisasi, untuk selanjutnya bisa dicari dengan mudah.

sumber :

http://tita.lecturer.pens.ac.id/KTI/Materi/Bioinformatika

Rabu, 10 Juni 2015

Pemrograman Java - getip, getname, iptoname, nslookup

Berikut adalah logika program dari program yang telah di buat, :

getip.java

Sourcecode di atas digunakan untuk mencari ip yang sedang kita pergunakan. InetAddress host = null; host = InetAddress.getLocalHost(); byte ip[] = host.getAddress(); for (int i=0; i { if (i>0) { System.out.print ("."); } System.out.print (ip[i] & 0xff); } System.out.println (); } } pada bagian tersebut menerangkan bahwa host dari inet address awal berupa null yang kemudian akan diberikan ip yang berupa byte. kemudian dengan menggunakan looping untuk mendapatkan ip serta ketika sudah mendapatkan akan ditampilkan ipnya namun jika tidak hanya akan menampilkan saja , hal ini disebabkan perintah if

getname.java

Sourcecode di atas digunakan untuk mengetahui nama hostname. InetAddress host = null; host InetAddress.getLocalHost(); System.out.println("nama komputer anda: "+ host.getHostName()); pada bagian tersebut terlihat bahwa untuk mendapatkan hostname kita menggunakan perintah inetadress.getlocalhost . yang dimana setelah mendapatkanIp saya berikan kepada variabel host. kemudian setelah mendapatkannya kita tampilkan namun dengan menggunakan gethostname maka yang ditampilkan adalah host namenya saja.

iptoname.java

Sourcecode di atas digunakan untuk mencari alamat host komputer namun menggunakan ip komputer tersbut untuk ip to. Pertama kali kita memanggil inetaddressnya terlebih dahulu. kemudian akan dideklarasikan ke dalam variabel address. kemudian dilempar ke catch ketika terdapat kesalahan maka yang akan ditampilkan adalah invalid ip dan maka system akan keluar (dalam hal ini command prompt) kemudian jika tidak terdapat kesalahan maka akan menampilkkan hostname dari ip yang kita cari.

nslookup.java

Sourcecode di atas digunakan untuk mencari sebuah ip namun dengan menggunakan hostname. if (args.length == 0) { System.out.println("Pemakaian: java NSLookup "); System.exit(0); } String host = args[0]; InetAddress address = null; pada bagian ini hanya akan menampilkan pemakaian untuk menampilkan saja kemudiana akan mencari inet addreess yang dimana dimulai dengan null try { address = InetAddress.getByName(host); } catch (UnknownHostException e) { System.out.println("Unknown host"); System.exit(0); } byte[] ip = address.getAddress(); for (int i=0; i0) System.out.print("."); } System.out.println(); } ketika i lebih besar dari 0 makaprogram akan mencetak ... namun jika tidak maka akan kosong saja .

Instalasi Server dan Tools

Abstrak

Sebuah server adalah komputer yang berfungsi untuk melayani komputer klien dalam sebuah jejaring komputer. Berdasarkan fungsi, terbagi menjadi Jaringan Klien-server (Client-server) dan Jaringan Ujung ke ujung (Peer-to-peer). Jaringan klien-server pada dasaranya ada satu komputer yang disiapkan menjadi peladen (server) dari komputer lainnya yang sebagai klien (client). Semua permintaan layanan sumberdaya dari komputer klien harus dilewatkan ke komputer peladen, komputer peladen ini yang akan mengatur pelayanannya. Apabila komunikasi permintaan layanan sangat sibuk bahkan bisa disiapkan lebih dari satu komputer menjadi peladen, sehingga ada pembagian tugas, misalnya file-server, print-server, database server dan sebagainya. Dalam server sendiri terdapat tool-tool yang dapat digunakan seperti penerapan Web, DNS, DHCP, FTP, Mail.

Untuk mempelajari sebuah arsitektur client-server, maka diperlukan lebih dari 1 komputer. Karena akan ada yang bertindak sebagai server dan client. Akan tetapi jika kita mempelajari itu sendirian dan hanya memiliki satu komputer atau laptop, kita bisa menggunakan software virtualisasi. Pada percobaan kali ini, kami menggunakan software virtualisasi tersebut untuk menjadikannya sebagai server dari jaringan. Software virtual yang digunakan adalah Oracle VM VirtualBox yang dapat digunakan sebagai sistem operasi tambahan didalam sistem operasi utama.

Membuat Virtual Machine Ubuntu Server di Virtualbox

Pada VirtualBox ini akan dibuat virtual mechine untuk instalasi server Ubuntu, berikut langkah-langkahnya :

1. Klik New atau Baru pada VM Virtualbox Manager.

2. Isi nama untuk virtual machine, lalu klik Next.

3. Sesuaikan ukuran memori dengan kebutuhan.

4. klik Next setelah memilih pembuatan Virtual Hardisk.

5. Untuk tipe berkas hardisk pilih VDI (Virtualbox Disk Image), lalu klik Lanjut.

6. Pada penyimpanan hardisk fisik pilih dinamik, lalu klik Lanjut.

7. Untuk ukuran Hardisk sesuaikan dengan kebutuhan. Lalu klik Buat.

Demikian telah terbuat virtual machine server, selanjutnya lakukan perngaturan untuk virtual machine tersebut. Berikut langkah-langkahnya :

8. Klik Button pengaturan pada VirtualBox.

9. Pada kolom sistem, ubah urutan boot pertama dari CD/DVD dan kedua dari Hardisk.

10. Pada kolom penyimpanan, klik icon CD (Kosong). Lalu klik icon CD pada kolom Drive CD/DVD.

11. Lalu, pilih sebuah berkas CD/DVD virtual.

12. Pilih file ISO yang sudah disediakan sebelumnya, lalu klik open.

13. Pada kolom jaringan/network disini kami menggunakan 2 buah network adapter. Pada adapter 1 pilih NAT. Dan pada adapter 2 pilih adapter ter-bridge lalu klik OK.

Pengaturan untuk VirtualMachine server sudah selesai, maka klik button Mulai pada VirtualBox.

Konfigurasi Server Ubuntu

Jika virtual machine sudah dibuat di virtualbox, sekarang langkah instalasi Server pada virtual machine. Berikut langkah-langkahnya:

1. Klik Start / Mulai pada virtual machine yang telah dipilih

2. untuk pilihan bahasa pilih English.

3. pilih install Ubuntu Server.

4. Setelah ini anda akan diminta untuk mengkonfigurasi lokasi, bahasa, dan bahasa keyboard anda. Jika anda diminta untuk mengkonfigurasi keyboard anda, pilih no.